硝化菌能將魚糞中的氨分解為亞硝酸鹽，續分解為無害的亞硝酸，令水不致於中毒量的狀態，氮化合物(即氣態的
氨NH3
/固態的
銨-NH4、亞硝酸鹽)
為有毒化學物。
註:一個氨-NH3係由一個氮和3個氫組成; 酸度的多寡代表水中的可自由游動的氫離子的多寡，即愈酸的水愈軟，愈硬的水為愈鹼。
即魚糞沉積，亞硝酸也間接增加，水中酸度也隨之而上升。
緊記落硝化菌前，要確保氧量足夠。因為硝化菌為
好氧綜合菌。即代表硝化菌量多，會與魚隻爭氧，所以定必確保氧足夠。
如要購買
樽裝液態硝化菌，可以於卡"K"批發或魚街內的店鋪選購，約數元至數百不等，視乎大小，不過有一點要留意，就是製造日期: 當製造商製菌入樽後之
三個月內的產品為最佳;
雖則硝化菌會休眠，但沒氨時，必會死，
所以從製造日期的三個月後的菌已「死靜無多」，因此不要買了。買了存貨半年的便是水魚了，因為死光光了.gif)
。
還有一點為硝化菌是無味及淡粉紅/淡咖甚至無色，所有打開嗅到是臭的﹑有味的﹑濃色的，便要存懷疑之心了!
想要長期存放或有菌量保證的，必定是粉狀的。
市面還有消化菌及光合菌: 消化菌也是好氧菌，不是除有害化學物，而是分解有機物，如魚糞及食物; 光合菌作用大致與消化菌一樣，分別在於厭氧及在充足的光下可繁殖。
三者之中，為硝化菌最重要，消化及光合菌可為次置，因處理有機物(糞﹑食物)，可靠著過濾器，所以不需考慮好與厭氧者，以及環境因素的煩惱。
當缸中的魚隻與硝化菌共存，便是良好的水質指標。所以開新缸時，除了下菌，也要放些魚隻，產魚糞得提供於菌「進食」。
要確保硝化菌的穩定，要先放置生物環於過濾器中，或獨立加設濾桶專於殖菌，這就不用常常買菌了，「間中」便可了。
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